神戸大学の大学院に行くつもりですが、将来東京で就職したい、難しいでしょうか？建設業です。

神戸大学理系院生です。 建築学専攻は関西系ゼネコン（大林、竹中etc）や関西系インフラに就職する人が多いですが、清水や鹿島のような関東系ゼネコン、東京本社の建設コンサルに就職する人もいます。 そこそこの規模の企業は関東系企業であっても関西で説明会を開いてくれますし、何より大半の大手企業は大学や同窓会主催の合同説明会に出展してくださいます。 ですので、東京で就職することは十分可能だと思います。 難しいかどうかは企業の規模や適性に依存しますので何とも言えませんが、少なくとも、大学の名前で切られるようなことはほぼないはずです。