違法？買い取り店でバイトしています。法律に詳しい方ご助言お願いします。

ブックオフのような買い取り店でバイトをしている者です。 ウチでは買い取り金額を間違え多く支払った場合、バイトが自腹で金額を補填しなければいけませんが、これは違法ですか？ 先日買い取りをした際、ゲームソフトの初回版と通常版を間違え１０００円ほど高く買い取ってしまいました。 社内規則だと言われ、お金を徴収されましたが腑に落ちません。 ちなみにバイトを辞めるのも、ひと月位前に申告しなかった場合その月の給料は支払わないとも言われています。 いくら規則とはいえ、ここまでの処置をとられるのでしょうか？ できれば労基に訴えたいところなのですが…やはり証拠が必要なのかよく分からず躊躇しています。 よければ法律に詳しい方、同じトラブルにあった方などいらしたらご助言ください。 （ちなみに買い取り手当等は一切もらっていません） ※お礼は１００チップです。よろしくお願いします。