会社に入っている福利厚生サービスのベネフィットワンやリロクラブなど 数千円近く割引があってお得なので使っていますが、この割引分はどこが負担しているんでしょうか？

福利厚生サービスと施設側とで決めます。 福利厚生サービス側はたくさんの会員がいるので、そこに自社の施設を載せてもらうことで宣伝になる。その分、団体割引などと同じように割引にしましょう、という契約です。 中には、ネットショップのモールのように、福利厚生サービスを通じて会員登録があれば1人につきいくらを施設から福利厚生サービスさんに支払います、という契約もあるかも知れません。 また、会社はその福利厚生サービスを受けるために従業員一人当たりいくらとか、何名まではいくら、といった会費を払ってます。その会費も直接ではないですが割引の原資にはなってますね。