私は都内で二つのコンビニバイトの掛け持ちをしているフリーターです。 どちらもファミリーマートで、A店で約20万、B店でも約20万稼いでいるのですが、片方の所得税が不当に高いのです。

不当では無いです。 掛け持ちだからで、そういう法律です。 日本は累進課税の税制度。 年収200万円と400万円は所得税率が違う。 両方とも、200万円の低い所得税率で徴収すると納税不足になる。 片方をちょろまかそうと考えてる人が存在するからの対策なのでしょう。 質問者はほぼ同額でしょうが、片方が小さい数字の人が多いので誤魔化そうとする気になるのでしょう。 税務署側の経験値からの結果でしょう。 所得税が多い方は年末調整の対象外です。 両方の源泉徴収票で確定申告しないと損する様になってます。 つまり、確定申告をすれば払い過ぎ状態になるの所得税が還付になります。