パイロットの資格について 民間旅客機JALやANAと海上保安庁の固定翼のパイロットでは資格になにか違いがあるのですか？

おおざっぱに言えば、違いはありません。 日本のパイロットは、民間・自衛隊・海上保安庁・警察・消防含めてすべてのパイロットが、JCAB（国土交通省航空局）の技能証明書（一般的に言う免許証）を持っています。 民間の場合、ある程度の大きさ以上の航空機を使った航空運送事業（JAL/ANA/SKYなどなど）のパイロットでPIC（航空法でいう機長）として飛ぶ場合は定期運送用操縦士、副操縦士の場合は最低でも事業用操縦士の技能証明書が必要です。 海上保安庁のパイロットも、JCABが発行した技能証明書を持っています。 ただPIC（機長）の技能証明書については、民間のエアラインでは定期運送用操縦士の技能証明書が必要ですが、海上保安庁の場合は「どんな大きさの航空機を飛ばす場合であっても」事業用操縦士の資格でPICができます。 上述の航空運送事業ではないからです。 各々の組織内部で定めた規程（規定）で、運用上の細かい違いはありますが、大元の航空法上の違いは以上の通りとなります。