就職活動をしていて感じるのですが、大和ハウス工業の建築系設計(商業施設や物流倉庫、医療施設などを設計している)は規模も大きく住戸部門よりも売り上げが大きいにもかかわらず、建設界隈でも知名度が低いように思

大きく二つの違いがあります。 まず、意匠性の自由度が違います。 ハウスメーカーの意匠設計は主に住宅や、大規模でも物流倉庫などです。 ゼネコン設計部や組織設計は、もっとデザイン性に富んだ設計ができます。 二つ目は入社難易度です。 主さんも就職活動をしていてわかると思いますが、ハウスメーカーの意匠設計は学部卒で比較的誰でも入れるのに対し、ゼネコン設計部や組織設計は院卒が基本でかつ、スーゼネ設計部などは倍率100倍くらいになります。 違いと言ったらそれくらいです。 大和ハウス工業などはフジタを傘下に入れ、ほぼゼネコンになってきてますし主さんの気持ちもわかります。 社会的ステータスや設計の面白さなどを考えなければハウスメーカーの設計でも十分能力を生かせると思います。