財務省組織全体が人権や女性蔑視などの観点から労働基準局や法務省などから是正勧告を受けるなんてことはありますか？かなりブラック企業に見えるのですが。

無理でしょうね。 人権とか女性蔑視とかいうものに「基準」とか「ライン」はないので、誰もどこからが蔑視で問題があり、どこからは問題が無い、と決めることができません。 スピード違反のように「これ以上なら法律的にアウト」とはっきりできるのであれば、それを根拠にして是正勧告も可能でしょうけど.... なので行政機関では勝手な行動は出来ないでしょう。 無論、司法機関がそれなりの判断をしたのであれば、行政機関は従うことになります。