防衛省事務官の試験で機関採用というのがあるみたいなのですがこれは陸海空各自衛隊駐屯地や防大での勤務になるのでしょうか？また機関採用になった場合、防衛省本省で働くことは一切ないのでしょうか？

防衛省の各機関ごとの採用ですね。 人事院の国家公務員一般職試験を受けた後、各機関に訪問します。 その後、事務官といえど自衛隊員ですから、身体検査とか、隊員としての服務の宣誓があるのが他省庁とちがうところですね。 さて、防衛省への入口が各機関だったとしても、本省所在機関や本省に付随する部署（市ヶ谷にある大臣直轄部門）での勤務の可能性はあります。 ただ、あくまでその機関での採用なので、その採用した機関は、我が機関で活躍してくれることを期待して採用したのですから、みんな無法地帯みたいに機関の外への逃げ出しOKとかみたいな感じではないです。 基本的には、例えば陸自なら、各駐屯地での勤務、それから方面総監部など各地域の支社的役所で勤務をして、そののち勤務実績や能力により本省所在機関（内部部局の各局や陸幕の各部、統幕の各部、防衛装備庁、情報本部など）や大臣直轄の中央業務支援隊などでの勤務はあり得ます。 早い人では機関採用でも20代から市ヶ谷勤務がありますよ。そのためには頑張りも必要ですが、ミラクルなことをしなくても、真摯に勤務すれば成果を認められると思います。