就職するならどちらがいいと思いますか？(民間企業と独立行政法人)

神奈川県在住の大学４回生です。 就職活動の結果、内定を２つ頂いたのですが、どちらにしようか悩んでいます。 １、総合物流企業 会社データ 東証１部(２００７年９月１８日上場) 本社：神奈川県川崎市 資本金：３８億５１００万円 売上高：１４０２億円 従業員数：５５００名(グループ会社含む) 事業内容：国内外における総合物流事業 採用データ 初任給：２０万５０００円 昇給：年１回 賞与：年２回 休日：週休２日（※月２回くらいは土曜出勤がある） 勤務地：全国(初任地：首都圏、名古屋、大阪、福岡) ２、独立行政法人（国土交通省の外郭団体) データ 本所：東京都千代田区 資本金：１６９億３４９７万円 職員数：３９０名 事業内容：自動車事故対策や事故被害者への支援活動 採用データ 初任給：２０万２５００円 昇給：年１回 賞与：年２回 休日：完全週休２日 勤務地：全国 物流企業は、仕事自体は楽しそうですが、規制緩和の折、業界内の競争が激しく今後の展望は決して明るくはないと思います。 独立行政法人は、公共性が高く、公務員を目指していた自分にとって非常に魅力的ですが、 昨今の事業仕分けなどで将来的には統廃合などの可能性もあり(職員の方はほぼ無いとおっしっていましたが)、その面で少し不安はあります。 どちらも一長一短ありますが、皆様でしたらどちらを選びますか？