SIerのプログラマとWEBプログラマの仕事ってどれくらい違いますか？ また、双方のプログラミング技術の基本的な部分は似たようなものなのでしょうか？根本から別の元と認識した方が良いのでしょうか？

どちらも経験してる者です。 webプログラマが何を指してるかによるかと。 いわゆる楽天とか、YahooとかのBtoCサービスのプログラマだとしたら、sierとは求められるスキルは異なるかと思います。 もちろんどちらもプログラミングのスキルは必須となってくるので、根本の部分は同じですかね。 プロジェクトにもよりますが、sierは設計書通りに物を作るのでどちらかというと真面目なイメージ、webプログラマはあまり設計書を作らない傾向にあるので、比較的それぞれのデベロッパに委ねられてるかと思います。