複合施設のゼネラルマネージャーと経理の責任者が スタッフの給料７０名の基本給を間違って減額しそのことを会社に報告せず内部で勝手に残業をカットしたり業者さんの支払いを止めてその穴埋めに当てていました。

背任行為かどうか、と聞かれれば、おそらくマネージャーさんも責任者さんも「自己の利益」のためにそうしているわけではなく、大きなミスを報告せずに隠してなんとかしようとした結果、さらに大きな事態になってしまった、という印象を受けます。 とはいえ、ミスを報告しないこと、業者への支払いにすら手を出して信用を失墜させる行為は懲戒対象となります。 この質問のみでは質問者さんがそれをどうしたいのかはわかりませんが、このまま給与の減額分を回収するのは、マネージャーさんが会社にきちんと報告し、その補てん分の資金を何とかしてもらわない限りは難しいと思います。