4月から新社会人となるものなんですが、交通費に関して質問です。 会社側から提示された定期購入区間では不便なので自分で調べた最適路線で通いたいのですが、差額を出せば問題は無いものなのでしょうか？

通勤は業務ではないので、どんな経路で通勤しようが本人の自由です。 一方、通勤費の支給については、その会社の就業規則や通勤費規程によります。 つまり、会社が認めた経路で通勤する場合に限り通勤費を支給するという制限がある場合は、その通りに定期を買わないと通勤費を正規に受けることはできません。 言い換えれば、そういう制限がない場合は、「会社側から提示された定期購入区間では不便なので自分で調べた最適路線で通いたいのですが、差額を出せば問題は無い」ということになります。