原発関連に詳しい方に質問です。

以前働いていた会社で原発構内で働いていました。退職した際に会社が危険手当をピンハネしてると他の職員に聞いたのでその分のお金を社長に請求した所、元請けからは請負いで仕事をもらってあり、危険手当は当社から自発的に支払っているからピンハネはしていないと言われました。 しかし同じ作業なのに危険手当を多くもらっている人もおり危険手当というものは一律ではないかと思うのですがイマイチ納得出来ません！ 原発構内の危険手当というのは東電側の規定がありそれにそって支払われらべきだと思うのですが法律上はどうなのでしょか？ 請負工事だから金額は会社が好きに決めていいのでしょうか？ 詳しい方いましたらお力添えよろしくお願いします。