通勤手当の非課税限度額について、勤め先が対応してくれない場合確定申告とかで対応できますか？

私の勤め先では通勤手当が支給されていますが、非課税分については距離による限度額設定（片道45ｋｍ以上は24500円、など）で課税所得を計算しています。 国税庁のHPでは距離による非課税限度額とは別に、片道15ｋｍ以上の人については電車・バスを使用したとみなした際にかかる費用のほうが距離設定額より大きい場合はそれを限度額にできる主旨が記載されています。 私の場合、バス・電車を使用した場合の金額で通勤手当を全額非課税にできるので、その申請を勤め先総務にしようとした際に、「給与計算のシステム上現在は対応できない。通勤手当も任意の規程なので。税理士に相談して対応が必要なら検討する」と言われました。 この場合①実際にはそういった申請を従業員がしたら会社は非課税限度を見直す必要があるのでしょうか？②また任意ということで会社が対応しなくてよいとなった場合、自分で確定申告などで課税所得を修正することができるのでしょうか？ 個人的には年末調整で会社が税額を出してしまった以上、その後通勤費等の社内でしか把握しにくい金額を税務署で調整するのは難しいような気がしております・・・。専門の方等、お知恵をいただけたら幸いでございます。どうぞよろしくお願いいたします。補足種々ご回答ありがとうございます。補足としまして、賃金＋通勤手当30000円受取の状況で、非課税が24500円のため、5500円の課税になっているケースになります。みなし計算でいくと30000円を超えるため、通勤手当が全額非課税にできないか、というところで模索しております。（支給額等は変わらないため、あくまで節税できるかどうかの範囲になるかと思います。）