F3戦闘機のような防衛関連の装備を開発する際、防衛装備庁と三菱重工業などの民間企業の仕事の割り当てというのはどうなっているのか教えてください。

防衛装備庁は、主に発注の事務処理側ですね。 設計はしません。 防衛装備庁は、○○のような性能の製品（武器）が欲しい、として 要求仕様を各企業に提示します。 その仕様に基づいて企業は見積もりを出し、入札になります。 入札で落札した企業が防衛省と契約し、設計、開発、生産して納品 する流れだと思います。 あと防衛装備庁は、装備品の技術研究レベルの設計・試作はやって いるようです。量産を前提としない1台2台程度の作成です。