防衛省の職員が他の官庁と異なり特別職の国家公務員とされているのはなぜでしょうか？

国家公務員法に規定されている国家公務員法の適用を除外される官職であって、自衛隊法の適用を受けるからです。 また、防衛省職員（事務官及び自衛官）のほぼ全員は自衛隊法の規定により、国家公務員で唯一、職務宣誓（服務宣誓）で「事に臨んでは危険を顧みず、身をもつて責務の完遂に務め、もつて国民の負託にこたえることを誓います。」（抜粋）という、自らの命と引換えに国防に従事する旨の宣誓をしています（自衛官は当然のことながら、事務官等の防衛省の役人も同様の宣誓をしています）。このことからも、国家公務員法（一般職）ではなく自衛隊法（特別職）に分類されているところです。