JTCメーカー(例えば日立やNEC)において、SE職と研究開発職ではどちらの方が年収が高い傾向がありますか？ あまり変わらないでしょうか？

結論から申しますとSE職のほうが年収が高い傾向にあります。 すべての企業に言えるわけではないですが、SEもR&Dも同じ階級（職務等級）であれば基本給は変わらないです（営業等の成果に対してインセンティブが設定されている職種なら別です）。 ただし、実際はこれらの職種に年収の違いはあります。それは残業や休日出勤等の時間外労働手当、または転勤手当等の追加手当です。案件にもよりますが、SE職のほうが一般的にはハードワークになりやすく、労働時間が長いです。また、地方にお客様がいる際には長期間出張や転勤があります。そういった背景から、基本給は同じでも追加分の手当で稼ぐSEのほうが年収が高い傾向にあると思います。特にR&D職は限られた予算の中で仕事をしなければならず、長時間労働を推奨されていません。実際のところはサビ残とかサビ出勤等で頑張っているかもしれませんが、会社側としては表向きには奨励していないです。