内定辞退したほうがいいです。仕事しながら勉強すると言って公務員になった人は少ないです。働くと目の前の仕事をこなすことで精一杯ですよ。腰かけであることもすぐにわかります。程度もあるでしょうが、大卒で国家公務員と政令市であれば、なおさら試験勉強に集中すべきです。薬局の店舗運営が公務員になるために考慮されるかも疑問です。知人は、国家公務員→政令市、銀行員→政令市、メガゼネコン→県土木職、大手企業SE→県、政令市という採用はありました。前職の考慮はないと言いますが、前職から期待されているものもあると思います。